碳交易是一種激勵手段，管理當(dāng)局設(shè)定一個排放總量控制目標(biāo)后將排放權(quán)以配額的方式發(fā)放給各企業(yè)，由于不同企業(yè)的二氧化碳減排成本各異，因而可以通過交易獲得成本效率——減排成本相對較低的設(shè)施超量完成目標(biāo)，然后把多出來的配額出售賺取利潤，而減排成本相對較高的廠商通過交易購買配額也可以降低自行達標(biāo)的成本，最終結(jié)果是實現(xiàn)了整體減排成本的最小化。碳交易系統(tǒng)可以形成市場化的碳價格，這樣企業(yè)就可以根據(jù)實際情況選擇技術(shù)革新，提高能效或者是購買碳排放額度。

　　由此，碳交易制度有兩點優(yōu)勢。其一，碳交易制度是逆經(jīng)濟周期的，可以起到自動穩(wěn)定器的作用。經(jīng)濟蕭條時期碳排放少，市場上的二氧化碳需求減少，價格下降，需要購買碳排放量的企業(yè)減輕經(jīng)濟負擔(dān)。反之，在經(jīng)濟高漲時期，對企業(yè)碳排放產(chǎn)生抑制效應(yīng)。其二，減少政府干預(yù)。碳稅的制定設(shè)計中有很多政治博弈，政策的制定、通過和實施經(jīng)過時間較長，使得效率下降。而碳交易體系相對來講受到政府的干預(yù)較小，一旦配額分配完畢，政府對于碳交易市場幾乎是不干預(yù)的。

　　與碳交易中靈活的碳價不同，碳稅是對二氧化碳賦予一個價格，這個價格具有剛性。實際上，碳稅最大的問題即在于，很難確定最合理的稅率，稅率太低不會帶來實質(zhì)性減排，稅率太高會對整個實體經(jīng)濟造成影響。

　　但是相對于碳交易制度，碳稅的優(yōu)勢主要表現(xiàn)在以下幾個方面：第一，覆蓋范圍廣泛；第二，不需要額外建立監(jiān)督管理機制；第三，價格穩(wěn)定，從而使得企業(yè)能夠更好作出如何減少排放的決策；第四，更容易適應(yīng)排放絕對增長的國家。

　　通常認為，碳交易制度在固定的大型排放設(shè)施的排放控制上更為適宜，而碳稅在小型、分散的排放設(shè)施上更加適用。而更重要的是，基于碳交易制度發(fā)展形成的碳金融市場，可能帶給節(jié)能減排一個巨大的市場激勵價值，碳可以發(fā)展成類貨幣的職能，這點是碳稅遠不能及的。從制度層面來看，碳交易可以作為根本性的低碳制度安排。在某種程度上，對于中國節(jié)能減排的成敗而言，碳交易制度會占據(jù)更高的戰(zhàn)略地位。

　　由于我國主要的碳稅研究專家主張將碳稅的征收放在生產(chǎn)環(huán)節(jié)，一切涉及化石能源生產(chǎn)和使用的排放都可以征收碳稅。這樣容易導(dǎo)致一個結(jié)果，即碳稅和碳交易兩種制度的覆蓋范圍有高度重疊的可能性。

　　以燃煤電廠為例，作為大型、集中的排放源，燃煤電廠通常是優(yōu)先考慮納入碳排放總量控制與交易體系的重點對象（我國將于2013年1月1日啟動的區(qū)域碳交易試點亦是如此）；而燃煤電廠也是主要的高碳化石能源——煤的使用大戶，如果也對其碳排放量征收碳稅，那么無疑是對燃煤電廠的碳排放進行了重復(fù)計算、雙重管控。

　　對于大型排放設(shè)施，在實踐中鮮見同時征收碳稅又實行碳排放總量控制與交易的。即使先采取碳稅制度然后再逐漸過渡到碳交易制度的，參考英國和澳大利亞的模式，也會發(fā)現(xiàn)另一個問題：這樣會導(dǎo)致對新增設(shè)施的配額實行有償分配，對我國這樣正處于經(jīng)濟快速發(fā)展和企業(yè)急劇擴張階段的國情來說，企業(yè)考慮到未來新增設(shè)施的需要，會普遍發(fā)生配額的過度儲存行為，這樣將來即使過渡到碳交易，也會喪失碳市場的流動性，以致制度的經(jīng)濟效率受損。這種政策錯配和交叉導(dǎo)致的政策創(chuàng)新失靈現(xiàn)象，在最初的二氧化硫排污權(quán)交易試點中已有苗頭。

　　另外，比如碳稅的稅率設(shè)置問題。有關(guān)學(xué)者提出了各種設(shè)想：有的認為稅率應(yīng)從每噸二氧化碳當(dāng)量10元征收，也有提議從20元/噸二氧化碳當(dāng)量起征。如果孤立地從碳稅的角度來看，可能會覺得10元/噸二氧化碳當(dāng)量是一個可以承受的稅率；但是，如果和碳交易制度聯(lián)系起來看，就值得重新探討。因為碳稅是對排放量全額的征收，10元/噸二氧化碳當(dāng)量的稅率（即碳價）就接近于美國東北部區(qū)域溫室氣體行動（RGGI）的碳排放配額拍賣價格，如果和歐盟碳排放交易體系（EUETS）相比則差別更為明顯，由于歐洲對大型排放設(shè)施的配額大部分是免費分配的，因此很明顯地，如果沒有對其他稅種的相應(yīng)的稅收減免（即稅收中性），那么可以認為碳稅是對燃煤電廠的“福利剝奪”，而碳排放交易體系的免費配額通常被看做是對電廠的“福利贈與”，使電廠有足夠的資本和靈活性應(yīng)對排放管制。