免費發(fā)放是管理當(dāng)局將核算好的排放權(quán)無償發(fā)給企業(yè)；拍賣則是按照一定規(guī)則，企業(yè)通過競拍獲得碳排放權(quán)。政府可將拍賣所得用于補貼企業(yè)由于承擔(dān)減排任務(wù)而出現(xiàn)的損失，鼓勵清潔能源發(fā)展和減排技術(shù)的研發(fā)等。

       各國在減排初期，為減少企業(yè)的成本壓力，通常都免費發(fā)放大部分排放權(quán)，試行拍賣小部分，再逐步增加排放權(quán)拍賣比例。在ETS的第一階段，歐盟規(guī)定通過拍賣發(fā)放的排放權(quán)不超過總量的5%，其他均實行免費發(fā)放。實際上只有丹麥、匈牙利、立陶宛和愛爾蘭采用拍賣，排放權(quán)拍賣量分別只占其總量的5%、2.5%、1.5%、0.75%。初期由于電力部門的自然壟斷特性，較容易轉(zhuǎn)嫁成本，因而排放權(quán)拍賣只相對電力企業(yè)。如果市場價格公開透明，拍賣成交價往往與市場價趨同。例如，2006年2月17日，愛爾蘭的拍賣價格為一單位排放權(quán)26.3歐元，同日碳排放交易市場價格為26.85歐元。

       ETS第一階段的經(jīng)驗表明，免費發(fā)放存在一定問題。企業(yè)在申報碳排放量時往往有所夸大，各國政府為保護本國企業(yè)也傾向于為企業(yè)提供更寬松的環(huán)境，過量發(fā)放排放權(quán)，導(dǎo)致碳交易量下降、價格過低，降低企業(yè)減排動力。同時，從ETS和美國SO2排放權(quán)交易情況看，盡管排放權(quán)免費分配，但企業(yè)在減排過程中仍會出現(xiàn)成本上升、將成本轉(zhuǎn)嫁消費者的現(xiàn)象，使消費者受到損失。而通過拍賣來發(fā)放排放權(quán)，企業(yè)獲得排放權(quán)的成本提高，減排面臨更大壓力和動力，有助于更好地實現(xiàn)減排目標(biāo)。政府可將拍賣收入用于補貼消費者，或給企業(yè)或消費者減稅，提高生產(chǎn)和消費的積極性，促進經(jīng)濟增長。

       總之，隨著碳排放權(quán)交易市場各項制度的逐步完善和市場的平穩(wěn)運行，各國增加排放權(quán)拍賣是大勢所趨。歐盟規(guī)定2013年拍賣約50%的排放權(quán)，其中電力行業(yè)全部排放權(quán)都通過拍賣發(fā)放。2013-2020年，每年拍賣的EUA將達13億個，價值250-400億美元。到2020年，各行業(yè)碳排放權(quán)拍賣比重將增至70-80%。在美國，已經(jīng)眾議院通過的《清潔能源與安全法案》（還有待參議院通過和總統(tǒng)簽署才能成為法律）規(guī)定，在法律實施的最初幾年，將免費發(fā)放80%排放權(quán)，之后隨著絕對減排量的增加和排放權(quán)的減少，免費發(fā)放的排放權(quán)將逐年減少。到2030、2050年，免費發(fā)放的排放權(quán)占比將分別降至30%和25%，其余排放權(quán)將通過拍賣發(fā)放。2012-2050年，美國政府計劃將拍賣所得的50-60%用于補貼因能源價格上漲而受到損失的消費者，其余用于補貼水泥、鋼鐵等企業(yè)和支持清潔能源技術(shù)開發(fā)等方面。