分權化治理模式指該體系所覆蓋的成員國在排放交易體系中擁有相當大的自主決策權，這是歐盟排放交易體系與其他總量交易體系的最大區(qū)別。其他總量交易體系，如美國的二氧化硫排放交易體系都是集中決策的治理模式。歐盟排放交易體系覆蓋27個主權國家，它們在經(jīng)濟發(fā)展水平、產(chǎn)業(yè)結(jié)構、體制制度等方面存在較大差異，采用分權化治理模式，歐盟可以在總體上實現(xiàn)減排計劃的同時，兼顧各成員國差異性，有效地平衡了各成員國和歐盟的利益。

歐盟交易體系分權化治理思想體現(xiàn)在排放總量的設置、分配、排放權交易的登記等各個方面。如在排放量的確定方面，歐盟并不預先確定排放總量，而是由各成員國先決定自己的排放量，然后匯總形成歐盟排放總量。

只是各成員國提出的排放量要符合歐盟排放交易指令的標準，并需要通過歐盟委員會審批，尤其是所設置的正式運行階段的排放量要達到《京都議定書》的減排目標。在各國內(nèi)部排放權的分配上，雖然各成員國所遵守的原則是一致的，但是各國可以根據(jù)本國具體情況，自主決定排放權在國內(nèi)產(chǎn)業(yè)間分配的比例。此外，排放權的交易、實施流程的監(jiān)督和實際排放量的確認等都是每個成員國的職責。因此，歐盟排放交易體系某種程度上可以被看作是遵循共同標準和程序的27個獨立交易體系的聯(lián)合體。

分權化管理模式突顯協(xié)調(diào)機制的重要性。歐盟委員會發(fā)布的關于排放交易的諸多指令（如Directive2003/87/EC） 是歐盟排放交易體系的基礎性法律文件，它確定了各成員國實施排放交易體系所遵循的共同標準和程序。各國所制定的排放量、排放權的分配方案需經(jīng)歐盟委員會根據(jù)相關指令審核許可后才能生效。此外，歐盟委員會還建立了龐大的排放權中央登記系統(tǒng)，排放權的分配及其在成員國之間的轉(zhuǎn)移、排放量的確認都必須在中央登記系統(tǒng)登記。

總之，歐盟排放交易體系雖然由歐盟委員會控制，但是各成員國在設定排放總量、分配排放權、監(jiān)督交易等方面有很大的自主權。這種在集中和分散之間進行平衡的能力，使其成為排放交易體系的典范。