重要生態(tài)功能保護區(qū)屬于禁止和限制開發(fā)地區(qū)，而且主要分布在老、少、邊、貧的山區(qū)或是少數(shù)民族自治區(qū)。為了保護良好的生態(tài)環(huán)境，限制、禁止開發(fā)這些地區(qū)，當?shù)鼐鸵冻鲐斦杀竞桶l(fā)展機會成本。因此，必須盡快建立完善生態(tài)補償制度，保證功能區(qū)規(guī)劃落到實處。

清新的空氣、清潔的水源、宜人的氣候等生態(tài)產(chǎn)品與農(nóng)產(chǎn)品、工業(yè)品一樣，都是人類生存發(fā)展所必需的。生態(tài)產(chǎn)品的主體功能體現(xiàn)在改善生態(tài)環(huán)境質(zhì)量、水源涵養(yǎng)、水土保持、保護生物多樣性等。因此，生態(tài)產(chǎn)品不僅能使某一個地區(qū)或者某一家企業(yè)受益，而是具有社會性。黨的十八屆三中全會提出，要健全自然資源資產(chǎn)產(chǎn)權制度和用途管制制度，劃定生態(tài)保護紅線，實行資源有償使用制度和生態(tài)補償制度，改革生態(tài)環(huán)境保護管理體制?？梢?，生態(tài)補償制度是生態(tài)文明制度體系的重要組成內(nèi)容，是推進生態(tài)文明建設的基本制度保障。

首先，生態(tài)補償制度可促進生態(tài)區(qū)轉(zhuǎn)型發(fā)展。建立生態(tài)補償制度就是要實現(xiàn)人與自然和諧發(fā)展，對資源的開發(fā)利用要建立在生態(tài)系統(tǒng)的自我恢復能力可承受范圍之內(nèi)，實現(xiàn)可持續(xù)發(fā)展。以湖南省江華瑤族自治縣為例，近年來，自治縣大力實施生態(tài)立縣戰(zhàn)略，編制了《江華瑤族自治縣國家級生態(tài)縣建設規(guī)劃》，并根據(jù)自然條件將全縣劃分為4個生態(tài)經(jīng)濟區(qū)，實施生態(tài)林業(yè)、生態(tài)農(nóng)業(yè)、生態(tài)工業(yè)、生態(tài)旅游業(yè)，實現(xiàn)經(jīng)濟轉(zhuǎn)型發(fā)展。

其次，生態(tài)補償制度可促進生態(tài)區(qū)持續(xù)發(fā)展。《全國主體功能區(qū)規(guī)劃》制定了優(yōu)化開發(fā)、重點開發(fā)、限制開發(fā)、禁止開發(fā)等政策。限制開發(fā)、禁止開發(fā)區(qū)大多是經(jīng)濟欠發(fā)展的邊遠山區(qū)，如果沒有生態(tài)補償制度保障，生態(tài)功能區(qū)保護就難以取得實效。

第三，生態(tài)補償制度可均衡生態(tài)區(qū)發(fā)展機會成本。生態(tài)補償制度加強了對生態(tài)功能區(qū)的扶持力度，使生態(tài)功能區(qū)內(nèi)的民眾在心理上取得平衡，進而提高其保護生態(tài)的積極性。比如，江華瑤族自治縣境內(nèi)礦產(chǎn)資源豐富，多金屬成礦帶貫穿。但是，為推動湘江源頭地區(qū)全國生態(tài)文明先行示范區(qū)建設，江華瑤族自治縣將進一步擴大禁采區(qū)范圍，對原已設置的礦業(yè)權不再給予延續(xù)，并制定相應的退出補償和賠償機制。

第四，生態(tài)補償制度可彌補生態(tài)區(qū)財政民生成本。限制、禁止開發(fā)，生態(tài)保護區(qū)就要付出財政民生成本。生態(tài)補償制度通過一定的政策手段實現(xiàn)對生態(tài)環(huán)境保護投資者的合理回報，增強生態(tài)產(chǎn)品的生產(chǎn)和供給能力，激勵人們從事生態(tài)環(huán)境保護投資并使生態(tài)環(huán)境資本增值，使生態(tài)環(huán)境保護成為自覺的行為。