改革現(xiàn)行的生態(tài)環(huán)境政府管理體制，建立符合市場經(jīng)濟和生態(tài)文明治理體系的新型生態(tài)環(huán)境政府管理體制，必須根據(jù)公共管理學理論和生態(tài)環(huán)境系統(tǒng)管理原理，同時遵循污染物—污染源—污染介質(zhì)統(tǒng)籌、生態(tài)環(huán)境系統(tǒng)完整性、污染防治和生態(tài)保護統(tǒng)籌、國內(nèi)與國際環(huán)境保護統(tǒng)籌等基本理論和原則。

公共管理學理論認為，政府、企業(yè)和公眾是生態(tài)環(huán)境治理體系的三大主體，而政府是生態(tài)環(huán)境治理體系的主要決策者、監(jiān)督者和責任者。世界銀行在1997年的《世界發(fā)展報告》中，歸納了現(xiàn)代政府5項最基本的責任：①建立國家的法制基礎(chǔ)；②保持國家宏觀經(jīng)濟穩(wěn)定；③向人民提供社會和基礎(chǔ)設(shè)施服務(wù)；④保護社會中的弱勢群體；⑤保護環(huán)境和自然資源。因此，作為準公共物品的生態(tài)環(huán)境保護，政府對其生產(chǎn)、供給、分配和監(jiān)管都負有責任。當這些公共物品的供給稀缺時，其使用就會產(chǎn)生外部不經(jīng)濟性，對國家利益和公共福利造成損害。市場本身不具備保護環(huán)境的能力，反而常常會引發(fā)環(huán)境破壞。政府必須承擔起保護環(huán)境和自然資源的責任，即使是利用市場手段保護環(huán)境，也需要在政府的監(jiān)督下實施。

生態(tài)環(huán)境保護管理體制的設(shè)置必須要與生態(tài)系統(tǒng)的完整性這一內(nèi)在本質(zhì)特征相適應(yīng)。生態(tài)系統(tǒng)是生物及其生存繁衍的自然因素和條件的總和，它由多個要素組成，各要素相互關(guān)聯(lián)、互相影響，形成復雜多樣的結(jié)構(gòu)和功能體系，是一個有機整體，具有系統(tǒng)性、區(qū)域性等特點。《中華人民共和國環(huán)境保護法》規(guī)定，“本法所稱環(huán)境，是指影響人類生存和發(fā)展的各種天然的和經(jīng)過人工改造的自然因素的總體，包括大氣、水、海洋、土地、礦藏、森林、草原、野生生物、自然遺跡、人文遺跡、自然保護區(qū)、風景名勝區(qū)、城市和鄉(xiāng)村等”。因此，組成生態(tài)系統(tǒng)的各項環(huán)境要素，從山頂?shù)胶Ｑ螅瑥淖匀坏饺斯?，不能分割，各要素形成的結(jié)構(gòu)與功能關(guān)系不能打破。生態(tài)環(huán)境保護必須遵循生態(tài)系統(tǒng)的特點進行綜合管理，實現(xiàn)要素綜合、職能綜合、手段綜合，形成從山頂?shù)胶Ｑ?、從天上到地下的一體化管理，將生態(tài)環(huán)境保護的要求貫穿于生產(chǎn)、流通、分配、消費的各個環(huán)節(jié)，體現(xiàn)在經(jīng)濟社會的各個方面。

生態(tài)系統(tǒng)是人類賴以生存的基礎(chǔ)，具有物質(zhì)（能量）屬性和生態(tài)屬性。其物質(zhì)屬性體現(xiàn)為作為自然資源被廣泛開發(fā)利用，其生態(tài)屬性體現(xiàn)在為人類提供生態(tài)服務(wù)（包括環(huán)境調(diào)節(jié)、生物多樣性等生態(tài)產(chǎn)品），即習近平總書記所說的“良好生態(tài)環(huán)境是最公平的公共產(chǎn)品”。生態(tài)系統(tǒng)的兩種屬性實際上是一體兩用，兩者相互關(guān)聯(lián)、相互影響。

生態(tài)環(huán)境保護的目標和任務(wù)主要是維護和提升生態(tài)系統(tǒng)及其生態(tài)服務(wù)功能。有兩種過程影響生態(tài)服務(wù)功能：一是社會經(jīng)濟活動產(chǎn)生的環(huán)境污染，即污染物的化學作用；二是社會經(jīng)濟活動對生態(tài)系統(tǒng)的物理性破壞。當然，也包括其他因素，如物種入侵的生物作用等。因此，生態(tài)環(huán)保體制的主要職能就是污染防治和生態(tài)保護，兩者形成有機整體。嚴格來講，生態(tài)保護主要包括保育和修復，這兩者可以是針對不同情況采取的不同措施，亦可為同時使用的措施。因此，保育和修復同屬保護生態(tài)服務(wù)功能的對策體系，不應(yīng)分離。但我國生態(tài)環(huán)保體制是在已有資源管理部門體制構(gòu)架下建立起來的，導致生態(tài)保育與修復職能嚴重分散，人為割裂了生態(tài)保護的完整性，造成生態(tài)保護與污染防治分離。

同時，在對自然資源開發(fā)利用過程中，往往會對生態(tài)環(huán)境造成破壞。長期以來，自然資源產(chǎn)權(quán)不明晰是導致資源過度開發(fā)利用、環(huán)境污染和破壞，從而造成“公地悲劇”的重要原因。因此，要維持生態(tài)服務(wù)功能，必須首先明確自然資源的產(chǎn)權(quán)，并加強對開發(fā)利用活動的監(jiān)管，從自然資源開發(fā)利用的全過程進行審視，建立互相制約又相互協(xié)調(diào)的體制：一是按照自然資源所有者與管理者分開原則，建立自然資源資產(chǎn)管理體制和自然資源監(jiān)管體制；二是按照自然資源開發(fā)利用與保護分開原則，將自然資源開發(fā)利用過程中的環(huán)境保護納入生態(tài)環(huán)保體制，同時，將監(jiān)管自然資源開發(fā)利用的環(huán)境保護制度，如空間規(guī)劃、生態(tài)保護紅線、國家公園等作為源頭嚴防的職能一并納入，建立自然資源監(jiān)管和生態(tài)環(huán)境保護管理相統(tǒng)一的體制。

十八屆三中全會提出要“建立和完善嚴格監(jiān)管所有污染物排放的環(huán)境保護管理制度”。監(jiān)管所有污染物排放，實際是監(jiān)管所有污染源通過所有環(huán)境介質(zhì)排放的所有污染物。這就是明確提出了維護污染物—污染源—環(huán)境介質(zhì)之間統(tǒng)一性的要求。污染物是指由于人類的活動進入環(huán)境，環(huán)境正常組成和性質(zhì)發(fā)生改變，直接或者間接有害于生物和人類的物質(zhì)或能量，如二氧化硫、氮氧化物、氨氮、生化需氧量、持久性有機污染物、光污染、輻射污染等。之所以有污染物，是因為有污染源，污染源是指向環(huán)境排放或釋放有害物質(zhì)或?qū)Νh(huán)境產(chǎn)生有害影響的場所、設(shè)備和裝置，包括點源（礦山等）、面源（農(nóng)業(yè)等）、固定源（工廠等）、移動源（車、船、飛機等）。污染物之所以能對環(huán)境造成危害，是因為污染源將污染物排放到了環(huán)境介質(zhì)中。環(huán)境介質(zhì)是指傳播污染的載體，包括水體、大氣、土壤等。因此污染物、污染源、環(huán)境介質(zhì)三者不可分割，污染物必由污染源產(chǎn)生，通過環(huán)境介質(zhì)傳播和承載。保護生態(tài)環(huán)境必須要將三者統(tǒng)籌考慮。

防治污染和保護生態(tài)是維護生態(tài)服務(wù)功能的兩個方面，無論從生態(tài)環(huán)境的完整性還是系統(tǒng)性，無論從自然屬性還是實踐屬性看，二者都有著必然的內(nèi)在聯(lián)系。環(huán)境污染與生態(tài)破壞相互影響、密不可分，環(huán)境污染會損害生態(tài)系統(tǒng)的功能，生態(tài)破壞則會加劇環(huán)境污染的程度。污染防治與生態(tài)保護又相互促進，具有很強的互補性，強化污染防治可以減少污染物排放，減輕生態(tài)環(huán)境壓力；強化生態(tài)保護則可以提高環(huán)境自凈能力，擴大環(huán)境容量和提升生態(tài)環(huán)境承載力。從污染防治和生態(tài)保護的手段來看，徹底的、系統(tǒng)的污染防治必須是生態(tài)健康型的，而且很大一部分手段就是生態(tài)保護和修復措施。做好生態(tài)環(huán)境保護工作，必須將生態(tài)保護與污染防治有機結(jié)合、統(tǒng)籌考慮，兩者雙管齊下對環(huán)境保護起到倍增效果，分而治之則事倍功半。

目前人類正面臨著有史以來最嚴峻的環(huán)境危機，并將對未來的人類生存與發(fā)展產(chǎn)生深遠影響。在某些環(huán)境的解決上，也越來越多地牽涉到國家利益的爭奪，尤其是發(fā)達國家與發(fā)展中國家之間的利益紛爭。全球性環(huán)境問題使國家之間的相互依存日益加深。這種相互依存，一方面演變成各國利益的互補與聯(lián)系，促成了國家合作；另一方面也引發(fā)了國與國之間的對抗與沖突。為此，國際社會先后在氣候變化、生物多樣性、臭氧層保護、荒漠化、國際水域等領(lǐng)域制定了一系列的環(huán)境公約。作為一個政治和經(jīng)濟大國，中國已經(jīng)積極地參與到各個公約的起草、談判和履行之中，并在其中發(fā)揮著重要的作用。到目前為止，中國已經(jīng)同近三十個國家簽署了雙邊環(huán)境保護合作協(xié)議或備忘錄，加入了包括《氣候變化框架公約》、《生物多樣性公約》、《保護臭氧層的維也納公約》和《蒙特利爾議定書》、《聯(lián)合國防止荒漠化公約》、《危險廢物跨境轉(zhuǎn)移的巴塞爾公約》等近三十個國際環(huán)境公約。

目前，中國對于國際環(huán)境公約的履約管理以及相應(yīng)環(huán)境問題的管理工作已經(jīng)具備了一定的法律和政策基礎(chǔ)，也積累了一定的經(jīng)驗。但是由于中國的履約管理按照各部門的管理職能由各部門分工負責，部門之間存在著眾多難以在短時間內(nèi)調(diào)和的利益紛爭，也存在著一定的職能沖突和矛盾，因此，各部門在全球環(huán)境問題管理中如何相互協(xié)調(diào)是一個十分現(xiàn)實的問題。這種協(xié)調(diào)工作雖然原則上應(yīng)該由環(huán)境保護部來進行，但是由于環(huán)境保護部在國家各部委現(xiàn)有的地位因素，以及其協(xié)調(diào)上職能設(shè)置的不完善和相應(yīng)管理能力的欠缺，相對國內(nèi)環(huán)境保護問題協(xié)調(diào)，環(huán)境保護部在國際環(huán)境保護部門協(xié)調(diào)上能夠發(fā)揮的作用也十分有限，使其成為我國“四大尷尬部門”之一。