目前，我國政府環(huán)境審計制度實施的問題主要體現(xiàn)在立法、體制、機制、技術(shù)和制度保障等多個層面，其中立法和體制機制是制約政府環(huán)境審計制度實施的主要障礙。

從立法層面看，無論是領(lǐng)導(dǎo)干部自然資源資產(chǎn)離任審計還是政府環(huán)境審計制度實施，均面臨法律依據(jù)不足問題。在我國的審計法、環(huán)境保護法與各類資源法中，均沒有對開展領(lǐng)導(dǎo)干部自然資源資產(chǎn)離任審計及政府環(huán)境審計做出明確規(guī)定。因此，無論是國家審計署還是環(huán)境保護部門，均沒有開展政府環(huán)境審計充足的立法依據(jù)。

從體制層面看，目前我國財政資金審計主要由審計署實施，各部委建有內(nèi)部審計機構(gòu)協(xié)助審計署開展工作。但在政府環(huán)境審計領(lǐng)域，尚未有明確的審計主體。從政府環(huán)境審計制度的實施層面看，環(huán)境領(lǐng)域涉及范圍非常廣，專業(yè)性強，對審計人員的要求非常高。在目前實施的經(jīng)濟審計中增加環(huán)境審計的內(nèi)容，無法對環(huán)境保護工作產(chǎn)生實質(zhì)性推動作用。因此，必須創(chuàng)新體制，從頂層設(shè)計上解決環(huán)境審計制度建設(shè)問題。

從機制設(shè)計上，必須理清目前實施的績效考核和政府環(huán)境審計工作的關(guān)系，協(xié)調(diào)處理好各項工作之間的關(guān)系。從環(huán)保部門內(nèi)部看，現(xiàn)行的考核側(cè)重點和目的不一，名目繁多的考核導(dǎo)致地方政府疲于應(yīng)付，無法有效督促各級政府環(huán)境質(zhì)量保護責(zé)任落實，考核結(jié)果由于缺乏有效的后督察手段，部分考核手段沒有發(fā)揮應(yīng)用的推動性作用。從內(nèi)容上看，除了財務(wù)審計外，績效審計和績效考核的方法并沒有大的差異，政府環(huán)境審計重點解決的是考核或?qū)徲嫿Y(jié)果的權(quán)威性和效果性問題，著重點在責(zé)任落實。因此，政府環(huán)境審計制度的建立能夠直接或間接強化各類考核手段的作用效果。

在實施技術(shù)保障層面，政府環(huán)境審計尤其是績效審計涉及不同的要素、行業(yè)和領(lǐng)域，技術(shù)性非常強，需要制定統(tǒng)一的審計準則和配套的技術(shù)方法體系，以指導(dǎo)和支撐政府環(huán)境審計工作開展。同時，審計實施過程中還需要解決機構(gòu)和人員能力問題。沒有一支專業(yè)的審計隊伍，建立政府環(huán)境審計制度就是一句空話。

在制度對接運用方面，政府環(huán)境審計制度的實施需要科學(xué)、規(guī)范并具有法律意義的賬簿記錄和統(tǒng)計監(jiān)測數(shù)據(jù)的支持，在結(jié)果應(yīng)用上更需要人事管理和黨內(nèi)外監(jiān)督部門的配合，以強化審計結(jié)果的客觀性和工作開展的權(quán)威性。