與歐盟設有主管整個歐洲碳交易監(jiān)管的機構不同，美國碳交易監(jiān)管機構并沒有一個從整體上負責的機構，而是由各州監(jiān)管機構負責政府監(jiān)管和不具有行政主體資格的區(qū)域監(jiān)管機構負責管理和技術支持。

1.各州層面的監(jiān)管機構。由于聯(lián)邦層面沒有機構負責美國全境統(tǒng)一監(jiān)管，美國碳交易的政府監(jiān)管實際上是由各州環(huán)境保護或能源監(jiān)管部門負責。以加利福尼亞州為例，該州環(huán)保署負責制定本州關于碳交易市場監(jiān)管的法規(guī)、發(fā)放本州境內碳排放設施的排放許可證、分配本州境內碳排放份額、對碳交易市場進行執(zhí)法檢查，對交易中存在的違法行為予以糾正。

2.區(qū)域性的監(jiān)管機構。由于美國憲法的限制，各州的外交權由聯(lián)邦統(tǒng)一行使，在未經(jīng)美國國會批準的情況下，各州無權與他國締結任何形式的條約，即使是聯(lián)邦內各州之間也不例外。此外，美國憲法也不允許一個凌駕各州之上，對全國性碳交易行使監(jiān)管職權的行政機構的存在。針對這一現(xiàn)狀，為了加強聯(lián)邦內關于碳交易市場監(jiān)管的協(xié)調，美國東北部各州簽署了《區(qū)域溫室氣體排放倡議》，并據(jù)此成立了一個非營利性的機構RGGI，負責對該倡議在各成員州內的實施提供管理和技術支持。但RGGI組織本身并沒有執(zhí)法權，在發(fā)現(xiàn)碳交易主體存在操縱價格等違法行為時，向各簽署州環(huán)境保護機構或能源監(jiān)管機構提出監(jiān)管建議。