（1）建立全國(guó)統(tǒng)一的核算、報(bào)告和核查體系，深化改革逐步解決直接和間接排放并存的問(wèn)題。碳排放權(quán)在法律意義上存在排他性，不同標(biāo)準(zhǔn)、重復(fù)計(jì)算或重復(fù)分配可能帶來(lái)配額不同質(zhì)的根本問(wèn)題，也造成未來(lái)國(guó)際市場(chǎng)聯(lián)接時(shí)的困難，雖然目前國(guó)內(nèi)市場(chǎng)由于電力和熱力價(jià)格形成和傳導(dǎo)機(jī)制不暢等原因?qū)㈤g接排放納入了計(jì)算范圍，但這個(gè)問(wèn)題與其他保障公平可比的機(jī)制一樣，都需要在統(tǒng)一碳市場(chǎng)運(yùn)行中不斷去改善。一是對(duì)于直接排放和間接排放采取分別核算、分別報(bào)告、分別核查、分別交易的辦法，逐步從現(xiàn)實(shí)妥協(xié)的“努力可比”過(guò)渡到依法均質(zhì)的“產(chǎn)權(quán)可比”的分配機(jī)制。重點(diǎn)排放單位分別核算和報(bào)告溫室氣體直接和間接排放量，主管部門據(jù)此分別分配直接配額和間接配額，碳市場(chǎng)運(yùn)行初期直接配額和間接配額允許同等或比價(jià)交易，但在注冊(cè)登記系統(tǒng)中設(shè)置兩個(gè)不同的產(chǎn)品標(biāo)簽。隨著能源價(jià)格體制改革特別是電價(jià)改革的進(jìn)展，國(guó)家配額交易應(yīng)從直接和間接排放并用逐步過(guò)渡到單一直接排放的市場(chǎng)體系。二是統(tǒng)一重點(diǎn)排放單位報(bào)告入口，完成企業(yè)直報(bào)系統(tǒng)與注冊(cè)登記系統(tǒng)的聯(lián)接，實(shí)現(xiàn)排放、配額和交易信息系統(tǒng)的一體化。所有參與全國(guó)碳排放權(quán)交易的重點(diǎn)排放單位統(tǒng)一直接向國(guó)家溫室氣體排放直報(bào)系統(tǒng)填報(bào)溫室氣體排放信息，并與注冊(cè)登記系統(tǒng)完成聯(lián)接，地方交易試點(diǎn)原來(lái)的報(bào)告窗口在全國(guó)交易啟動(dòng)前逐步轉(zhuǎn)并至國(guó)家直報(bào)系統(tǒng)，區(qū)域級(jí)市場(chǎng)和普惠制市場(chǎng)逐步實(shí)現(xiàn)與全國(guó)直報(bào)及注冊(cè)登記系統(tǒng)的對(duì)接，從系統(tǒng)和機(jī)制上形成國(guó)家排放、配額和交易統(tǒng)一管理的體系。

（2）平衡地方的差異性和行業(yè)的可比性，實(shí)施正向激勵(lì)的公平配額分配方案。地方的差異性和行業(yè)的可比性應(yīng)該有所平衡，但這兩者在制度設(shè)計(jì)中不可避免存在優(yōu)先次序和權(quán)衡考量，應(yīng)至少避免出現(xiàn)加劇區(qū)域間發(fā)展不平的情況，以及戰(zhàn)略性新興產(chǎn)業(yè)變相“補(bǔ)貼”高排放產(chǎn)業(yè)的“逆向選擇”。一是結(jié)合國(guó)家區(qū)域、行業(yè)發(fā)展戰(zhàn)略和重點(diǎn)任務(wù)，配額分配要考慮發(fā)展大局與減排政策的協(xié)同。配額分配除考慮發(fā)展階段、責(zé)任能力等因素外，還要體現(xiàn)主體功能區(qū)、京津冀協(xié)同發(fā)展、長(zhǎng)江經(jīng)濟(jì)帶等區(qū)域發(fā)展戰(zhàn)略以及“三去一降一補(bǔ)”等行業(yè)重點(diǎn)任務(wù)，其中地方的差異性應(yīng)該給予更為重要的關(guān)注，而行業(yè)的可比性可以通過(guò)“特殊事項(xiàng)”來(lái)得以解決，比如電力、鋼鐵、建材、化工等高排放且行業(yè)集中度較高、以全國(guó)性集團(tuán)公司為主的行業(yè)可以實(shí)行可比的控排系數(shù)，而其他較為分散的、具有地方特色的產(chǎn)業(yè)則可以考慮采用差異化的指標(biāo)來(lái)管理。二是在新增配額的使用上，實(shí)行先進(jìn)技術(shù)優(yōu)先、落后地區(qū)優(yōu)先的雙重管理。鼓勵(lì)更為先進(jìn)的技術(shù)部署，在重要技術(shù)代際標(biāo)準(zhǔn)上應(yīng)逐漸從當(dāng)前的“祖父法”為主過(guò)渡到“基準(zhǔn)法”或“先進(jìn)值法”，避免在經(jīng)濟(jì)下行區(qū)間傳統(tǒng)高排放且產(chǎn)能過(guò)剩的行業(yè)配額富余反而成為獲利的賣方，出現(xiàn)“劣幣驅(qū)逐良幣”的情況，同一區(qū)域內(nèi)先進(jìn)技術(shù)擴(kuò)大產(chǎn)能、同等技術(shù)排放標(biāo)準(zhǔn)下落后地區(qū)投入新興產(chǎn)業(yè)應(yīng)優(yōu)先獲得新增配額。